UCMSC與骨髓、脂肪等來源的MSC相似，在免疫學特性方面有兩大鮮明的特點：一是具有低免疫原性，異體移植不發生免疫排斥反應；二是具有良好的誘導免疫耐受和免疫抑制作用，可用于自身免疫性疾病、炎癥性疾病的治療。 西安胎盤干細胞公司UCMSC與其他來源的MSC在表型上存在一些差異，表達 Nestin、CD54、SEA-4、OCT3/4的比例相對高。 UCMSC低免疫原性的原因是它低表達人白細胞抗原(HLA)主要組織相溶性復合物Ⅰ(MHC-I)類抗原，也不表達MHC-Ⅱ類分子和Fas、共刺激分子(CD40、CD40L、CD86和CD80)等，將同種異體來源的UCMSC移植于體內不會發生急慢性免疫排斥反應，甚至對器官移植免疫排斥反應還有一定治療作用作者所在實驗室把人 UCMSC輸入到糖尿病獼猴、多器官損傷犬和衰老小鼠體內也未見明顯的免疫排斥，且發現對疾病有一定治療作用，包括抑制自身免疫和炎癥反應、促進損傷修復等。西安胎盤干細胞公司 UCMSC的低免疫原性為其在臨床上廣泛應用提供了便利條件，可以在體外大規模、標準化制備儲存 UCMSC并按臨床要求像藥品一樣提供疾病治療使用。

UCMSC的免疫調節作用包括抑制外周血中單個核細胞刺激后的增殖活性，其中包括T、B淋巴細胞、NK細胞等，抑制抗原呈遞細胞的成熟，抑制某些關鍵性免疫促進因子(IFN、Ⅱ-2等)的釋放。西安胎盤干細胞公司MSC的免疫調控作用沒有種屬特異性，自體、同種異體和異種來源的MSC的免疫調節作用具有相似性，甚至有報道認為，異體或異種MSC的免疫調控作用更強。MSC的免疫調控機制包括通過 UCMSC與免疫細胞的直接接觸抑制和分泌多種細胞因子參與免疫調控兩個方面。MSC分泌的 galectin、HLA-G5等因子參與了免疫抑制調節作用，參與MSC免疫調節的因子還包括PGE2、TGF-阝、HGF、I-10、L-6、I-1等。

IFN-y誘導UCMSC表達的吲哚胺-2,3-雙加氧酶具有較強的免疫抑制作用， UCMSC分泌的PGE2在抑制因絲裂原或異種抗原刺激所致的淋巴細胞增殖和IFN-y分泌。IFN-y參與了MSC的反饋抑制調節，即活化的T細胞分泌IFN-y，促進MSC表達B7-H分子，從而啟動和促進MSC的免疫抑制功能。西安胎盤干細胞公司在IFN-y的作用下， UCMSC上調MHC-Ⅱ類分子表達，但 UCMSC的免疫抑制作用不依賴MHC分子的表達， UCMSC與同種異體T淋巴細胞共培養不能引起T細胞的增殖反應，即使加入IFN-y誘導了MHC-Ⅱ表達，也不能刺激同種異體反應。UCMSC分泌的轉化生長因子(TGF-B)和肝細胞生長因子(HCF)也在其免疫負調控中發揮重要作用，因為在培養體系中加入抗TGF-B、HCF抗體之后，MSC的抑制效應被逆轉。MSC對不同類型的T細胞亞群表現出不同的免疫調節效應，對T細胞而言，MSC在混合淋巴細胞反應( mixed lymphocyte reaction，MLR)體系中研究表明， UCMSC能夠抑制CD3CD4和CD8T細胞的增殖，且呈劑量和時間依賴性。 UCMSC可促進Teg細胞的增殖，提高Treg細胞的比例，且這種促進效應不具有MSC劑量依賴性，PGE2、TGF-B和細胞間的接觸參與了MSC的促進Treg細胞增殖作用。

CD4CD25的Treg細胞是一類具有免疫抑制特性的T淋巴細胞亞群，可能是MSC的免疫調控作用的細胞學機制之一。MSC對靜息性T細胞和記憶性T細胞對異體抗原的增殖反應、細胞毒性反應和產生IFN-γ的細胞數量均有抑制作用，但只產生否決效應，不影響對記憶抗原的效應。西安胎盤干細胞公司MSC對T細胞的增殖抑制具有劑量依賴性，即在體外共培養體系中的MSC含量越高，抑制作用越強，MSC對T細胞活性的抑制作用是抑制T細胞的增殖能力，而不是誘導T細胞凋亡，去除MSC后T細胞對異種抗原刺激后的增殖活性又會恢復。在體外混合淋巴細胞培養實驗中， UCMSC對T細胞的來源沒有特異性和選擇性，即對刺激細胞和效應細胞供者來源的淋巴細胞都有相似的作用，同樣來源于刺激細胞和效應細胞供者的MSC的免疫調節效應一致。在體外混合淋巴細胞培養的加入MSC，對細胞毒性T淋巴細胞(CTL)介導的細胞毒性反應抑制率達70%，而在混合培養第三天加入MSC則因為CTL細胞已經生成而不影響細胞毒性T淋巴細胞介導的細胞毒性反應。

因此認為，MSC對CTL的作用是由可溶性因子介導的，主要作用于CTL細胞形成階段。在造血干細胞移植(ematopoletic stem cell transplantation,HSCT)治療血液腫瘤中實施MSC洽療，可以降低CTL細胞的形成從而減輕移植物抗宿主病( graft versus host disease，GVHD)的發生，同時又不影響NK細胞對殘余腫瘤細胞的殺傷效應，把GVHD和移植物的抗腫瘤效應區分開來，發揮雙重有利作用。西安胎盤干細胞公司將MSC對γ6細胞的增殖起抑制作用，但不抑制其細胞毒性功能，γδT細胞具有殺腫瘤細胞的作用。MSC可促進Th17細胞的擴增，但抑制Th17細胞的生成，Th17細胞是一種新型的效應CD4細胞亞群，與Th1和Th2細胞亞群不同，此亞群T細胞產生Ⅱ-17、I-16和TNF-a，但不產生IFN-Y。Th17細胞介導炎癥反應，對防御胞外病原菌的感染發揮重要作用，同時也是介導自身免疫反應、移植免疫排斥反應的重要細胞。MSC對EB病毒、巨細胞病毒(CMV)引起的T細胞反應影響不大，但能顯著抑制同種異體抗原引起的T細胞反應，說明MSC可用于造血干細胞移植后的排斥反應GVHD治療，而對免疫系統的防御能力沒有影響。